Согласно постановлению, сопредседателями координационного совета Программы фундаментальных научных исследований в России на 2013–2020 годы утверждены министр образования и науки и президент РАН. Также в состав совета войдут руководители и полномочные представители структурных подразделений, которые несут ответственность за проведение фундаментальных исследований. К ним относятся: ассоциации ведущих институтов и бизнес-сообществ, представители Российского союза ректоров.

В задачи координационного совета входит управление общей программой. Кроме того, в его функции будут включены утверждение по вопросам конкурсного отбора проектов методических документов, представления и экспертизы отчётов, создание экспертных и научных групп, которые необходимы для решения задач программы. На Министерство образования и науки РФ совет возлагает организационно-техническое обеспечение работы.

Утверждённая правительством РФ в декабре 2012 года новая программа запланирована на семилетний срок. На её реализацию из федерального бюджета выделено около 632 млрд рублей.