Николай Николайчук объяснил причину своего ухода наличием разногласий с Сергеем Жвачкиным — губернатором Томской области: «Ни один серьёзный проект невозможно начать и невозможно завершить без взаимного доверия и тесного взаимодействия мэра и губернатора».

Напряжённые отношения мэра и губернатора отражаются, по мнению Николая Николайчука, на развитии самого города, влияют на принятие решений по ключевым вопросам. «Город не может стать заложником такой ситуации», — считает Николайчук.

Бывший мэр Томска подчеркнул, что взаимное доверие и тесное сотрудничество с прежним губернатором Томска Виктором Крессом позволяло добиваться федерального финансирования и реализовывать значительные социальные и дорожные проекты. При новом губернаторе Сергее Жвачкине, считает Николай Николайчук, произошла смена курса развития Томска.

Бывший глава администрации поблагодарил всех жителей города, которые оказывали ему поддержку, и сообщил, что он не согласен с «идеями превращения Томска из научно-образовательного центра в центр сырьевых компаний». «Город будет развиваться, пока в него приезжают студенты и пока в нём живёт наука, пока в нём создаются инновационные предприятия», — заявил Николай Николайчук. Под его руководством был подготовлен пакет документов в Роспатент для получения права называть Томск «студенческой столицей страны».

С 23 июля исполняющим обязанности мэра города Томска назначен первый заместитель Николайчука Евгений Паршуто. Досрочные выборы мэра Томска пройдут 13 октября 2013 года.

В 2007 году Николай Николайчук занимал пост первого заместителя мэра Томска и возглавил администрацию города после отставки предыдущего мэра Александра Макарова, обвинённого в хищении и коррупции. По результатам голосования 2009 года, Николай Николайчук был избран мэром, его срок полномочий должен был истечь в 2014 году.

Николай Николайчук, по итогам апрельского медиарейтинга этого года, основанного на частоте упоминания влиятельных людей в СМИ, вошёл в тройку лидеров среди глав сибирских регионов.